La première référence écrite à un château de Murnau date de 1324. Louis le Bavarois, empereur du Saint-Empire romain germanique à partir de 1328, concéda le château comme fief. Cependant, la tour résidentielle qui constitue le cœur du complexe a été construite près de 100 ans plus tôt, sous le règne du duc de Wittelsbach Otto II de 1231 à 1253. D'après des fouilles archéologiques menées entre 1990 et 1992, celle qui surplombe la ville à l'extrémité ouest pouvait en être une. La tour résidentielle située sur l'éperon rocheux peut être datée de l'année 1233. Le bâtiment presque carré, encore conservé sur toute la hauteur des murs, correspondait dans sa construction à un type de château courant dans le sud de l'Allemagne et au Tyrol aux XIIIe et XIVe siècles. Le complexe fut constamment agrandi aux XVIe et XVIIe siècles. Une plaque votive du XVIIIe siècle dans l'église paroissiale de Saint-Nicolas représente les parties du complexe du palais. Il existe une chapelle dans la zone sud-est de la cour du château au plus tard depuis le Haut Moyen Âge. Comme le montrent les tombes, un cimetière y était rattaché. Les squelettes examinés, provenant probablement d'habitants du château ou peut-être de résidents locaux, étaient datés du XIIe au début du XIVe siècle. L'abandon du cimetière au XIVe siècle peut être lié au transfert de propriété du marché de Murnau au monastère d'Ettal et à l'église gothique Saint-Nicolas en 1330. Le constructeur et les premiers propriétaires du château ne sont pas clairement connus. Depuis la seconde moitié du XIVe siècle, ils utilisaient le monastère comme résidence officielle et résidence de leurs juges infirmiers, qui exerçaient leur juridiction sur le marché et ses environs pour la région d'Ettal. Après la sécularisation en 1803, au cours de laquelle les biens du monastère en Allemagne devinrent propriété de l'État, le château fut vendu aux enchères : l'aile sud revint au Markt Murnau, qui aménagea des locaux pour l'école de la communauté. L'aile ouest fut d'abord vendue à des propriétaires privés jusqu'à ce qu'elle soit également acquise par le magistrat de Murnau en 1846. En 1862, l'école de filles dirigée par les Sœurs des Pauvres s'installa ici. Les sœurs des pauvres écoles avaient une chapelle décorée au deuxième étage avec une architecture simulée de haute qualité et des peintures au pochoir. La collection sur James Loeb et la « peinture du XIXe siècle » est exposée ici aujourd'hui. Après la construction d'un nouveau bâtiment scolaire pour l'école des filles à l'est de l'église paroissiale en 1910/11, les ailes sud et ouest du château furent utilisées comme école pour garçons. Le bâtiment est utilisé comme musée depuis le 1er juillet 1993.