Ein erster schriftlicher Hinweis auf eine Burg in Murnau stammt von 1324. Ludwig der Bayer, ab 1328 Kaiser des Heiligen römischen Reiches Deutscher Nation, vergab die Burg als Lehen. Der den Kern der Anlage bildende Wohnturm war allerdings schon fast 100 Jahre früher errichtet worden, während der Regierungszeit des Wittelsbacher Herzogs Otto II. von 1231 bis 1253. Anhand archäologischer Grabungen, durchgeführt zwischen 1990 und 1992, konnte der oberhalb des Ortes am westlichen Ende eines Felssporns gelegene Wohnturm auf das Jahr 1233 datiert werden. Das noch in voller Mauerhöhe erhaltene, annähernd quadratische Gebäude entsprach in seiner Bauweise einem im 13. und 14. Jahrhundert in Süddeutschland und Tirol häufigen Burgtyp. Im 16. und 17. Jahrhundert wurde die Anlage ständig erweitert. Eine Votivtafel aus dem 18. Jahrhundert in der Pfarrkirche St. Nikolaus gibt die Teile der Schlossanlage bildlich wieder. Spätestens seit dem Hochmittelalter gab es im südöstlichen Bereich des Schlosshofs eine Kapelle. Wie Gräberfunde belegen, war ihr ein Friedhof angegliedert. Die untersuchten Skelette, wohl von Schloss-, vielleicht auch von Ortsbewohnern, wurden auf das 12. bis frühe 14. Jahrhundert datiert. Die Aufgabe des Friedhofs im 14. Jahrhundert hängt möglicherweise mit der 1330 erfolgten Eigentumsübergang des Marktes Murnau an das Kloster Ettal und die gotische Kirche St. Nikolaus zusammen. Erbauer und erste Besitzer der Burg sind nicht eindeutig überliefert. Das Kloster nutzte sie seit der zweiten Hälfte des 14. Jahrhunderts als Amts- und Wohnsitz ihrer Pflegrichter, die für den Ettaler Herrschaftsbereich die Gerichtsbarkeit im Markt und im Umland ausübten. Nach der Säkularisation 1803, bei der der Klosterbesitz in Deutschland in Staatsbesitz übernommen wurde, wurde das Schloss versteigert: Der Südflügel ging an den Markt Murnau, der darin Räume für die Schule der Gemeinde einrichtete. Der Westflügel wurde zunächst an private Eigentümer verkauft, bis er 1846 ebenfalls vom Murnauer Magistrat erworben wurde. 1862 zog hier die von den Armen Schulschwestern geleitete Mädchenschule ein. Die Armen Schulschwestern ließen im zweiten Obergeschoss eine Kapelle mit einer qualitätvollen Scheinarchitektur und mit Schablonenmalerei ausgestalten. Hier wird heute die Sammlung zu James Loeb und der „Malerei des 19. Jahrhunderts“ gezeigt. Nachdem 1910/11 ein Schulneubau für die Mädchenschule östlich der Pfarrkirche errichtet worden war, wurden der Süd- und Westflügel des Schlosses als Knabenschule genutzt. Seit dem 1. Juli 1993 wird das Gebäude als Museum genutzt.