Die Frage „von wem“ das Burggebäude vor seiner Nutzung als Pflegschloss und Amtssitz der Ettaler Pfleger erbaut und genutzt wurde, ist bis heute nicht gelöst. Eine Urkunde von 1324 belegt, dass Ludwig der Bayer über Rechte an der Burg verfügte. Es wird daher vermutet, dass bis Ende des 14. Jahrhunderts ein wittelsbachischer Vogt auf der Burg gelebt haben könnte. Zwei umfangreiche archäologische Grabungen, die die jeweiligen Umbaumaßnahmen des Burggebäudes Anfang der 1990er Jahre und zwischen 2009 und 2011 begleiteten, brachten jedoch einige Erkenntnisse zum Alltag der Bewohner zutage. Zu den Funden aus dem 13. Jahrhundert zählten zahlreiche Keramikscherben. Eine große Doppelhenkelschüssel war ein erstes hilfreiches Indiz: ähnliche Stücke jener Zeit sind von Burgen und reichen Haushalten städtischer Patrizier bekannt, während sie in ländlichen Siedlungen fehlten. Bemerkenswert sind auch Scherben eines Nuppenbechers aus Glas, da Glasfunde aus der ersten Hälfte des 13. Jahrhunderts in Deutschland bisher sehr selten waren. In den ersten 150 bis 170 Jahren nach Gründung der Burg blieb ein großer Teil des Abfalls im Burghof liegen und wuchs mit der Zeit zu einem beachtlichen Schichtpaket: Ofen, große Schüsseln, der vergleichsweise hohe Anteil an Wild bei den Tierknochen und vor allem die Glasfunde weisen auch hier auf die höfische Lebensweise der Burgbewohner hin. Auch im 14. Jahrhundert konnten sich nur Adelige, Geistliche und reiche Stadtbürger Glasgefäße leisten, weil sie noch immer zum großen Teil importiert werden mussten. Ungewöhnlich für eine Burg ist das fast vollständige Fehlen von Waffen (bis auf zwei Armbrustbolzen), Hufeisen und sonstigem Reitzubehör im Fundmaterial. Zahlreiche Fundstücke stehen auch mit Umbauten in Verbindung, die die Ettaler Pfleger Ludwig Götschl und Kaspar Freislich zu Beginn des 17. Jahrhunderts veranlassten. Die Keramik ist nun fast ausnahmslos glasiert (z. T. sogar beidseitig). Große, grün glasierte Blumentöpfe mit Ornamenten lassen auf einen kleinen barocken Schlossgarten schließen. Die erwähnten und hier nicht ausgestellten Funde sind in der Abteilung „Die Murnauer Burg“ im zweiten Stocke des Westflügels zu besichtigen.